北京白癜风专科医院 http://m.39.net/pf/bdfyy/bjzkbdfyy/今天跟大家分享的是年10月发表在FrontGenet(IF=3.52)杂志上的一篇文章Identi?cationoftheKeyFactorsRelatedtoBladderCancerbylncRNA-miRNA-mRNAThree-LayerNetwork。在文章中作者通过lncRNA-miRNA-mRNA三层网络识别与膀胱癌相关的关键因素。Identi?cationoftheKeyFactorsRelatedtoBladderCancerbylncRNA-miRNA-mRNAThree-LayerNetwork通过lncRNA-miRNA-mRNA三层网络识别与膀胱癌相关的关键因素一.研究背景
近年来，对膀胱癌(BC)单分子的大量研究发现，失调的mRNA通过参与Akt信号途径和NF-kB途径等许多途径的异常激活而促成BC肿瘤的发生，lncRNAUCA1和H19的异常表达与BC的发生、发展和转移密切相关，有关泌尿系统肿瘤与miR-，miR-之间关系的研究表明，大量miRNA参与了肿瘤的发展。
二.分析流程1.数据资源的收集与预处理对应“结果解读”中图2
2.三层网络的建设对应“结果解读”中图3
3.关键节点有关基因的分析对应“结果解读”中图4-7；表2-4
三.结果解读1.拓扑属性的计算讲解拓扑基本关系(图1算式1)，中介中心性计算(图1算式2)，靠近中心性计算(图1算式3)。结果体现在表1。
图1.计算拓扑属性
算式1
表达式解释D度，通常用于反应基本拓扑属性V一组的节点K连接到节点v的边数，表示网络的连接数，指示连接到相邻节点的节点数算式2
中介中心性是通过网络中的节点的最短路径占最短总数的比例路径，反映了网络中节点的影响。是评估网络中节点重要性的最有效方法之一，它在信息传递过程中起着重要作用。
如果一个节点是网络中其他节点通信的唯一方式，则该节点在网络中具有重要地位。节点之间的中心度值越高，其影响越大。
表达式解释通过节点“v”的节点“s”和“t”之间的最短路径数节点对“s”和“t”之间的最短路径数算式3
靠近中心性反映了网络中某个节点与其他节点的接近程度。
节点“v”的接近中心性是从节点“v”到所有其他节点的平均最短路径距离的倒数。一个节点与其他节点越近，其紧密中心性就越大。
表达式解释“i”和“v”之间的最短路径距离V
网络中的节点数
2.获得上调和下调的DElncRNA，DEmRNA，DEmiRNA
通过比较BC的正常和癌症样本，获得了：1,个(1,个上调，个下调)DElncRNA(图2A)，3,个(1,个上调，个下调)DEmRNA(图2B)，个(个上调，33个下调)DEmiRNA(图2C)。其中红色表示上调，绿色表示下调。
图2.用火山图分析差异表达RNA3.构建膀胱癌的三层网络通过合并lncRNA-miRNA调控网络，miRNA-mRNA调控网络和lncRNA-mRNA共表达网络，构建了膀胱癌的三层网络(用Cytoscape软件可视化)。
包括个mRNA，65个miRNA，个lncRNA和个边缘。橙色椭圆表示DElncRNA，绿色矩形表示DEmRNA，黄色三角形表示DEmiRNA。
图3.构建膀胱癌的三层网络4.筛选出枢纽miRNA用图1的三个算式，计算图3中居中性，紧密性和中心的度前10的基因的拓扑属性，得到枢纽节点：miRNA-和miRNA-93。每列中出现的基因以粗体显示。
这么做的目的是提取三层网络(图3)中的子网(图4)。
表1.根据拓扑属性筛选枢纽节点5.得到枢纽miRNA的子网根据提取出的两个关键的miRNA及其链接的mRNA和lncRNA重建了一个新的子网，其中包括71个mRNA，2个miRNA，73个lncRNA和个边缘。红色表示上调；绿色表示下调(子网使用Cytoscape软件可视化)。椭圆代表DElncRNA，三角形代表DEmiRNA，矩形代表DEmRNA。
图4.枢纽节点在膀胱癌中相关的网络6.深入了解枢纽miRNA的基因本质使用DAVID(
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