新中国成立70年来，海洋事业蓬勃发展，逐步形成了统分结合的管理体制，而海洋生态环境保护管理也是建立在这一基础之上的，其发展历程大致可分为以下四个阶段。
起始阶段（20世纪60—70年代）
我国海洋生态环境保护管理体制建设最早可追溯到20世纪60年代。海洋生态环境领域相关专家根据当时我国海洋生态环境管理状况，向国务院提出了成立国家海洋局的建议，后经全国人大会议批准，于年7月正式成立国家海洋局，自此我国海洋生态环境保护被纳入了专业化管理。
各行业部门管理职能向海洋的延伸。但随着海区分局、海洋环境保护研究所的成立，以及沿海观测站、海洋气象预报站等纳入国家海洋局统一管理，海洋生态环境保护工作的“耳目”—海洋生态环境监测体系初步形成，为海洋生态环境保护管理工作的开展奠定了基础。这一阶段的海洋生态环境管理主体和管理手段单一。
平稳发展阶段（—年）
年8月23日，通过了《中华人民共和国海洋环境保护法》，这部法律是我国第一部真正意义上专门的海洋环境保护法律，其出台标志着海洋环境保护工作进入了法制化、业务化的轨道。
随后，国家相关部委相继在海洋环境保护领域发布了一系列环境标准，如《海水水质标准》《船舶污染物排放标准》《海洋石油开发工业含油污水排放标准》等，这些标准和法律法规一并构成了海洋环境保护的规范管理体系。
年9月，中央明确提出地方近海海域以及附近海岛、海岸的相关海洋生态管理工作归地方政府管辖，进一步理顺了国家和地方在海洋生态环境管理中的关系。
年，国务院在将国家海洋局划归国土资源部管理的同时，也进一步明确了国家海洋局的基本职责涵盖了海洋保护、国际合作、海洋科研、海域使用、海洋发展及权益维护在内的六大范畴，推动海洋环境管理体制向海洋生态环境综合管理体制的转变。
海监船年，国家海洋局成立了中国海上监察总队，依法行使海洋监督监察权，有权对破坏海洋生态环境等违法违规行为进行处罚。政府对海洋生态环境保护的重视程度不断提升，公众的海洋生态环境保护意识逐步增强。
这一阶段海洋生态环境管理仍带有浓厚的计划经济和行业管理色彩，管理对象主要以环境污染防治为主，管理手段以监督、罚款为主。分散的管理体制没有明显改变，缺乏有效的协调机制。
深化调整阶段（—年）
年4月，修订后的《中华人民共和国海洋环境保护法》正式实施，海洋生态环境协同治理理念初步形成。年颁布《中华人民共和国海域使用管理法》，涵盖海洋功能区划、海域使用权、有偿使用等核心制度，标志着中国海域使用制度的建立。年出台了《防治海洋工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》，年对《防治海岸工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》进行了修改，年出台了《中华人民共和国海岛保护法》，颁布了《防治船舶污染海洋环境管理条例》。海洋生态环境管理进入深化调整阶段。
这一阶段，我国政府高度重视海洋生态环境保护工作，在局部海洋污染治理、生态保护等方面取得一定成效，但客观上并没有摆脱发达国家走过的“先污染、后治理”路径，近岸海洋生态环境仍处于持续恶化中。与20世纪80年代相比，海洋生态环境问题在类型、规模、结构、性质等方面都发生了深刻变化。环境、生态、灾害和资源四大方面的问题共存，并且相互叠加、相互影响，表现出明显的系统性、区域性、复合性，呈现出异于发达国家的海洋生态环境问题特征，防控与治理难度加大，但也在推动着我国的海洋生态环境保护与治理工作朝综合性、协同性的方向迈进。
战略发展阶段（年至今）
随着海洋生态环境保护职能的整合，海洋综合治理成为最主要的政策目标和决策原则。渤海综合整治攻坚战、“蓝色海湾”等整体性、综合性的海洋生态环境治理政策相继被制定和实施。大力推进海洋生态文明建设，不断增强海洋经济高质量可持续发展能力，成了海洋生态环境保护工作的战略目标。
这一阶段，海洋生态环境保护管理完成了从“污染减排型”向“质量改善型”、从“条块分割型”向“陆海统筹型”、从“事后决策型”向“全程监管型”、从“单一行政型”向“统筹综合型”的四大转变，摒弃了以污染物总量减排为核心的传统理念，更加注重海洋生态环境质量的整体改善；改变了原有的分散型管理方式，更加注重陆海统筹、区域联动综合治理的协同效应；针对海洋环境风险等新问题，推动管理更加注重预测性、目标性、前瞻性等；不再以批准、监督、罚款等行政强制手段为主，更加注重赔偿、补偿、许可、税收等综合性的经济和法律手段。变化带来了机遇，机遇也意味着挑战。
